Una abadía benedictina en Italia ha sido sacudida por un hecho inexplicable: uno de sus monjes ha muerto de una forma muy misteriosa. Para investigar tan extraño suceso, deciden confiar a un monje franciscano, fray Guillermo de Baskerville (Sean Connery), quien llega a la abadía acompañado de su joven discípulo Adso de Melk (Christian Slater), para una reunión entre la legación papal (entonces radicada en Aviñón, Francia) y los llamados "espirituales" de la recién nacida orden franciscana, entre quienes se encuentra Ubertino da Casale. No obstante y dados los acontecimientos, a su llegada Guillermo es requerido por el abad para que investigue el extraño suceso. Guillermo de Baskerville, otrora inquisidor, posee una inteligencia y perspicacia que no concuerda con la humildad de un buen franciscano, pero es precisamente por pensadores de la época como Roger Bacon y Guillermo de Occam, promotores de la ciencia y el razonamiento lógico como un don divino, que Guillermo de Baskerville va desentrañando los secretos que oculta esta abadía enclavada en el norte de la Roma del siglo XIV.

En la abadía, de la cual a propósito se omite el nombre, viven monjes que vienen de lugares remotos y acuden al santo lugar para poder acceder a libros que solo se encuentran en esa biblioteca; al mismo tiempo, llegan con algún rollo o alguna edición “rara” que contribuir al acervo de la Abadía. Los monjes extranjeros copian a mano los textos que solicitan y elaboran cuidadosamente una nueva “edición” para poder regresar a su monasterio con el texto requerido.

Son tiempos en los que el emperador ha calificado al Papa Juan XXII de herético, y éste a su vez mantiene una guerra en contra de los frailes de la vida pobre, quienes son representados por la orden de San Francisco, la cual tiene algunas décadas de haber sido “reconocida”, pero que atenta – según el pontífice de Aviñon – contra los intereses de la Iglesia Católica, pues sustentan que los apóstoles y Cristo jamás poseyeron nada ni en común ni en uso, lo cual es precisamente el asunto a dirimirse durante el encuentro de la Legación Papal y la joven orden franciscana, encabezada por Michele da Cesena.

En el fondo, lo que le preocupa a la alta curia no es que se sepa si Jesús fue pobre o no: en todo caso, la angustia nace de la idea que pueda gestarse entre los fieles sobre si debe ser pobre o no la Iglesia Católica. En caso afirmativo, la influencia y poder que ha ostentado peligrarían. El emperador Ludovico es quien antagoniza pues con el sucesor de Pedro. Algunos de quienes forman el grupo de los “espirituales” franciscanos integraron el Capítulo de Perusa y cuentan con el respaldo del emperador, a quien conviene que se pregone la pobreza como forma de vida y la “regla” franciscana. La reunión de ambas legaciones es pues de suma importancia.

Siendo pues Guillermo de Baskerville un hombre agudo, descubre que todos en la abadía tienen algo que ocultar: algunos, vicios de la carne; y otros, vicios del espíritu. Es precisamente la sed de conocimiento (que en el libro de Umberto Eco denomina como “lujuria del intelecto”) la que origina los mas trágicos acontecimientos vistos en tan tranquilo y santo lugar, dedicado a la oración.

Es por ello que se guardaban con tanto celo algunos libros considerados como “prohibidos”: tal es el caso de "Poética", escrito por Aristóteles, cuya única copia se encuentra resguardada de ojos curiosos en el Edificio (la Biblioteca) ya que el filósofo sostiene a través de sus ejemplos – todos cómicos - que es a través de la risa que se puede dar gloria a Dios, cosa que Jorge de Burgos – uno de los monjes benedictinos más viejos ente los que habitan este monasterio - sostiene que la risa no es buena para el hombre: afirma que el libro podría incitar a los hombres a perder el miedo al infierno y no necesitar a Dios.

En la cinta, magistralmente dirigida por Jean-Jacques Annaud, se observa un ríspido diálogo protagonizado por Jorge de Burgos y Guillermo de Baskerville, donde precisamente éste último ejemplifica cómo algunos santos apelaban a la risa para burlarse de los infieles mientras que el anciano y ya ciego monje de Burgos sostiene que ello no es sino la puerta abierta para el pecado.

Este tipo de conocimiento aparece como un delito para la Iglesia Católica, en este caso representada por el “Venerable Jorge”. Fuera de la religión, no se permitía la libertad de pensamiento. Sólo la compostura y el más estricto cumplimiento de “La Regla” eran permitidos. Como claro ejemplo, está este libro misterioso: quien leía su contenido moría.